L’intervento di restauro  effettuato nell’Ottocento ad Agliate fu solo uno dei tanti cantieri presenti nel territorio lombardo, fu un intervento semplice ed in gran parte agevolato dalla riconoscibilità dell’antico rispetto alle aggiunte successive. Ad Agliate, infatti, a differenza di tanti altri cantieri ottocenteschi era già palese quale fosse la stratificazione di eventi sul monumento storico; erano ben distinguibili le stratificazioni fatte durante il corso dei secoli anche perché avevano seguito uno schema abbastanza “lineare”, caratterizzato più da aggiunte che da demolizioni ed alterazioni.

Chiaro esempio è che la scansione a salienti della facciata, era già ben visibile ad occhio nudo, e fu nottata già da Moretti in uno dei suoi primi sopralluoghi del 1893.

Fu rimosso tutto ciò che non risaliva all’antico e quando elementi mancavano completamente, né erano disponibili in loco lacerti o altre testimonianze in grado di indirizzare la progettazione d’intervento entrò in gioco quello che si definisce “restauro artistico”, ossia la progettazione e creazione ex novo di elementi decorativi che si intonassero al carattere del manufatto.

Su alcuni di questi nuovi elementi, per indicarne la nuova fattura fu posta la sigla “UR” seguita in alcuni casi anche dalla data.

Gli interventi ottocenteschi ripresero tutti i materiali presenti nella complesso di basilica e battistero, partendo dalle tegole delle coperture fino a terra, alle pavimentazioni e fondazioni, nessuno escluso. Il restauro di Agliate seppur lontano dalle teorie odierne è pur sempre un progetto di restauro coerente, sia nelle premesse che negli esiti, esplicitato in fase esecutiva da un’unità formale e materiale, il tutto nel rispetto dell’unitarietà dello stile architettonico. Si sono adottate infatti materiali e soluzioni costruttive del tutto simili a quelle delle parti più antiche, con l’unico problema di “dare la patina” a ciò che era nuovo, problema di facile risoluzione con qualche “Trucco”. Numerose erano le ricette usate all’epoca per antichizzare pietre e marmi usati come nuovi elementi architettonici al fine di mimetizzarli con quelli più antichi.