Nell’impossibilità di giungere ad un  accordo sulla sistemazione del Battistero e della sacrestia dalla fine dell’ottocento ai primi del novecento questo continuava a versare in condizioni critiche.

Nelle immagini inserite da Don Rinaldo Beretta nel suo testo del 1929 dedicato al complesso di Agliate si nota come l’edificio giacesse in uno stato di rudere, del tutto simile alle immagini scattate nel 1893.

Per tutta la durata dei lavori di restauro condotti dall’Ufficio regionale ed eseguiti dall’appaltatore Longoni, il Battistero fu usato come magazzino dei materiali dismessi dalla chiesa e dai locali della parrocchia, ed è in queste condizioni che venne “riscoperto” nel 1928 dai funzionari della Soprintendenza, che lo descrissero così: “Il battistero uno dei rari esemplari dell’architettura lombarda del sec. IX, è adibito ad uso di magazzino dei paramenti della chiesa, inoltre lunghe aste porta stendardi appoggiate alle pareti scalfiscono gli affreschi, interessanti documenti della pittura del sec. IX”.

Con queste parole venne subito intimato lo sgombero, che fu effettuato con rapidità.

Il restauro del Battistero venne affrontato dalla Soprintendenza all’arte moderna e medievale delle provincie lombarde nel 1931, per mano di Ferdinando Reggiori, che dispose il rifacimento della copertura , il consolidamento della volta con una cappa di cemento gettata all’estradosso e la creazione di un intercapedine per il drenaggio della acque.

Nel 1932 fu probabilmente arretrato e rettificato il fronte della sagrestia.

L’8 febbraio 1935 Reggiori collaudava le opere di cui sopra e proponeva un ulteriore sussidio della Soprintendenza per poter dar via allo “scandaglio sotto l’intonaco per rimettere alla luce eventuali affreschi delle pareti e della volta” e procedere alla “ripassatura ritoccata e affrancatura degli affreschi già in vista sulle pareti”.

I lavori, sorvegliati dall’Ing. Gaetanina Calvi, tecnico di fiducia della Fabbriceria,  furono ultimati nel 1935 insieme ai restauri degli affreschi all’interno.

Si può notare in alcune fotografie dell’epoca come in questo periodo la quota del terreno intorno al Battistero fosse più alta di circa un metro rispetto a oggi.

Di fatto l’intercapedine di Reggiori fu rimossa nel corso degli interventi del 1985, che portarono all’ abbassamento del piano di campagna al livello attuale e alla realizzazione di un’intercapedine più profonda.

Dal 1935 fino alla fine della seconda guerra mondiale non si registrano notizie di nuovi e consistenti interventi.

Nel 1948 il parroco Leonardo Corti denunciava alla soprintendenza nuovi dissesti alle absidi della basilica e alle architravi delle porte del Battistero.

Altre lesioni vennero rilevate nel corso del 1954 e furono risarcite solo nel 1956 per mancanza di fondi.

Un intervento recente  ricordato come un operazione fallimentare è lo strappo di un affresco quattrocentesco rappresentante il busto  di un santo vescovo, di cui e ignoto l’autore ma noto il committente, un certo Giuliano da Perego, attestato da una scritta in epigrafe. Lo strappo di questo affresco voleva recuperare la figurazione sottostante per completare il ciclo decorativo altomedievale ma sotto questo busto di vescovo non è stato trovato nient’altro che la scritta preparatoria del santo da raffigurare (Ambrogio). Lo stacco, già ipotizzato negli anni ’30 del Novecento, è stato autorizzato nell’agosto 1962 da Gian Alberto Dell’Acqua, Soprintendente alle Gallerie ed effettuato da Ottemi Della Rotta.