La cripta
Nell’abside di sinistra sono conservate le reliquie di san Biagio, il cui altare era già stato segnalato nel Liber Notitiae Sanctorum Mediolani, risalente al XIII sec.
Da qui si accede alla cripta, scandita da quattro coppie di colonne e coperta da piccole volte a crociera nervata, rinforzate da sottarchi, mentre Il perimetro è scandito da semicolonne.
I capitelli in pietra sono tutti coevi, a eccezione di uno, in marmo, che è di reimpiego, ed è attribuibile al IX secolo.
La sacrestia
La sacrestia della basilica è di fatto un corpo aggiunto nel 1741 dal prevosto Pier Francesco Curioni, in quanto nell’antichità le funzioni di sacrestia erano svolte nel coro del presbiterio o nell’abside della navata meridionale.
L’attuale sacrestia contiene un arredo ligneo che ospita le suppellettili e l’armadio dell’archivio plebano, ultimo ricordo di quando Agliate era ancora il paese a capo della pieve.
All’esterno della basilica, una volta aggirato il campanile – costruzione neoromanica della fine del XIX – si trova una stele spezzata, scoperta nel 1990 durante la campagna di scavi archeologici all’interno della basilica.
