Nei venticinque anni (dal 1724 fino al 1759) in cui il sacerdote, Pietro Francesco Curioni occupava la cattedra di prevosto, furono modificate pesantemente le strutture e l’aspetto della Basilica.
Curioni decise di ottenere un presbiterio molto più ampio, demolendo le prime due arcate della navata centrale edificando un’unica grande arcata, rovinando irrimediabilmente, come oggi possiamo notare, parte degli affreschi sulla parete settentrionale.
Fu eretta anche la sagrestia sul lato meridionale della Basilica: è quella che ancora oggi possiamo ammirare. Essa mise in comunicazione la chiesa e il Battistero. Curioni fece erigere anche un nuovo altare ai Santi Cosma e Damiano con un’icona a loro dedicata.
In questo periodo il Cardinale Giuseppe Pozzobonelli fu testimone di questi avvenimenti e lasciò, in occasione della sua visita pastorale del 1759, una dettagliata descrizione dello stato della chiesa. Descrisse anche il Battistero, con il fonte battesimale sostenuto da un pezzo di fusto di colonna, e un ciborio soprastante. Le pitture delle pareti, pur essendo molto rovinate, erano ancora visibili.
Il presbiterio all’interno della chiesa era abbellito da un nuovo pulpito in pietra molera, insieme a un nuovo altare. L’abside di destra aveva un altare dedicato a Gesù in Croce, quella di sinistra un altare dedicato alla Beata Vergine, ornato da una tavola dipinta, raffigurante la Vergine con il Bambino Gesù e i Santi Giovanni Battista, Fermo, Rustico e Carlo.
Nella cripta e nel Battistero si trovavano poi i rispettivi altari.
In questo periodo, insieme alla sagrestia fu edificata – non sappiamo con precisione quando – anche la nuova casa parrocchiale, costruita con la testata appoggiata al lato occidentale del Battistero, e costituita da un corpo di fabbrica parallelo al lato meridionale della chiesa. Questo fabbricato si collegava poi alla chiesa stessa e alle altre abitazioni poste lungo il sagrato. Infine, il Cardinale lasciò un lungo e dettagliato elenco delle decine di sante reliquie conservate nella chiesa, da quelle già viste da Carlo Borromeo a quelle giunte e approvate nel Seicento e nel Settecento alcune delle quali ancora conservate in Basilica.
Giuseppe Pozzobonelli, pur encomiando la buona volontà del prevosto nel voler porre rimedio all’incuria che da tempo incombeva sul complesso basilicale, non poté fare a meno di fargli notare come in sostanza avesse arrecato gravissimi danni all’antico monumento.
La chiesa così impostata dal prevosto Curioni non subì modifiche per più di un secolo, fino all’Unità d’Italia, quando cominciò ad avviarsi una nuova ed importante fase per la vita della Basilica e del Battistero.