L’equilibrio della facciata lo si riscontra all’interno della basilica, impostata su una pianta basilicale a tre navate, che sviluppa l’idea ternaria, suggerita dall’adorazione del mistero della SS. Trinità.

L’interno della basilica dà l’impressione di una solidità che sfida i secoli: una doppia fila di colonne di recupero, basse e massicce, testimoniano il prevalere del lavoro umano sulla materia grezza.

Sulla parete della navata di destra sono affissi alcuni reperti rinvenuti durante le  campagne di restauro e scavo archeologico che hanno interessato il complesso dal 1875.

Da sinistra a destra troviamo: un segnacolo agrimensorio (di età medievale), una stele con iscrizione funeraria di età paleocristiana dedicata a un lettore di nome Albino,una lastra con dedica ai coniugi Sextilii, risalente al la fine del II secolo d.C. e una stele funeraria con un’ iscrizione di incerta interpretazione.

Alla base della prima colonna di destra per chi entra è possibile scorgere un’intera ara sacrificale con un’ iscrizione dedicata a Giove, insieme a delle tracce delle antiche murature di una chiesa precedente.

Sull’altro lato troviamo, riutilizzato come colonna, un miliario romano risalente all’imperatore Giuliano l’Apostata (361d.C) che designava probabilmente il secondo miglio da Como.

Sono tre le iscrizioni dedicatorie: una, la più chiara e a caratteri molto grandi, sul lato interno della colonna, allude all’imperatore Giuliano; sull’altro lato, invece, sono due e confuse: una nomina ancora l’imperatore Giuliano, con una forma dedicatoria differente, mentre l’altra dedica è per gli imperatori Massimo e al figlio Flavio Vittore. (383-388d.C e 384-388d.C)

Degno di nota è anche il capitello della penultima colonna di sinistra, presumibilmente appartenente a un antico tempio dedicato al dio Nettuno o ad una divinità fluviale.

Rappresenta dei delfini che  si abbeverano a un’anfora (kantharos),dalla quale emerge il tridente di Nettuno.

La base della quarta colonna è di un importante interesse archeologico, in quanto risulta essere la metà di un altare o base romana; l’altra metà è impiegata come capitello della colonna sul lato opposto.