Nel 1578 durante la visita pastorale di San Carlo Borromeo, fu rinvenuto, in occasione della demolizione dell’altare del battistero, un reliquiario. Erano tre contenitori, databili tra la ne del VI e gli inizi del VII secolo d.C. Il contenitore esterno in pietra, poligonale e decorato con palme e croce, conserva al suo interno un’altra capsella d’argento, finemente decorata a traforo, con il lato principale occupato dal Chrismon con l’alfa e l’omega (il principio e la fine). All’interno, un terzo contenitore poligonale in vetro, oggi perduto, conteneva le reliquie. La forma della capsella agliatese differisce notevolmente da quelle rinvenute in altre Chiese della Brianza e simbolicamente allude al Santo Sepolcro di Gerusalemme.