Tra il 1985 ed il 1986 furono eseguiti gli interventi di restauro che hanno riguardato l’architettura e tutte le superfici dipinte e non del Battistero e della Basilica.
Prima dell’intervento di restauro furono rilevati i parametri ambientali per avere un quadro ben preciso delle variazioni di T° e U.R ed in seguito fu ribassata e modificata l’intercapedine areata per ovviare al problema dell’umidità di risalita e per evitare anche i continui ristagni d’acqua che durante i forti temporali si creavano lungo il perimetro dell’ottagono che è posto ad un livello più basso rispetto a quello della basilica.
Il livello di campagna fu abbassato fino ad allinearsi con la pavimentazione interna del Battistero e da questa quota fu scavato un nuovo scannafosso su progetto dell’Arch. Bazzoni.
Nel momento in cui tali problemi furono risolti si potè intervenire sulle pitture murali, fortemente compromesse dalla cristallizzazione in superficie dei sali solubili che rendevano difficoltosa la lettura dei dipinti.
Fu proprio in seguito a questo intervento che si riuscì a individuare la successione cronologica dei dipinti.
Dopo che i dipinti furono portati nuovamente alla luce dagli intonaci sovrapposti uno dei problemi principali era individuare quale fosse la finitura superficiale della muratura in pietra e ciottoli. I saggi volti ad individuare questa finitura non hanno dato alcun riscontro tantochè si decise di mantenere l’intonaco bianco settecentesco, rinvenuto sotto una stesura più tarda, forse ottocentesca, molto liscia e di color giallo-bruno.
La linea seguita nei restauri di quegli anni fu quella di “un intervento a carattere prettamente archeologico – conservativo, teso cioè al recupero di tutto ciò che era sopravvissuto all’ingiuria del tempo, assicurando nel contempo le migliori condizioni materiche per la sua sopravvivenza e trasmissione”.
In seguito alla rimozione meccanica di tutte le efflorescenze saline la pellicola pittorica venne fissata per evitare perdite di colore durante le operazioni di pulitura.
La pulitura permise di eliminare i depositi superficiali concrezionati, fissativi e ridipinture poste in svariati periodi.
La reintegrazione pittorica in questo intervento non è stata contemplata per non incappare in arbitrarie interpretazioni, ma anche perché all’epoca su questa tipologia di dipinti veniva eseguito raramente il ritocco pittorico.
Si è intervenuto solamente per armonizzare le parti tra loro e tra le parti mancanti con l’originale stendendo delle malte sottolivello e stuccando le lacune che lasciavano vista ciottoli e le pietre del paramento murario.
Nel 1991 con la pubblicazione del libro Gli affreschi di Agliate di Oleg Zastrow, dove, oltre ad essere raccolte delle bellissime immagini degli affreschi di Basilica e Battistero, è contenuto anche un saggio dal nome: “Note sulle tecniche pittoriche e sul restauro degli affreschi” in cui dopo all’incirca 6 anni dall’intervento che ha interessato gli affreschi del battistero, le persone che lavorarono in quel cantiere affermarono: “L’intervento è sicuramente frutto delle concezioni teoretiche e delle tecniche operative a nostra disposizione in quegli anni. Riguardando ora ad esso, sopratutto per quello che riguarda la restituzione dell’unità potenziale dell’opera, si possono ipotizzare soluzioni differenti, con carattere anche meno archeologico”. Con questo si dimostra come, a distanza di pochi anni, le teorie, le tecniche esecutive d’intervento, cambiano e continueranno a mutare, più o meno rapidamente, negli anni.